福建佛学院由已故当代高僧圆拙老法师偕普雨、妙湛法师发起，创办于１９８３年春季，分男众，女众二部。男众部院址设在全国三大模范丛林之一莆田广化寺内，环境优美，宁静宜人。女众部院址设在福州市北郊崇福寺。
十五年来，本院先后开办过预科班、师资进修班（专科班）和基础班等多种不同层次的班级，共毕业、结业学员６００多人。毕业学员考入中国佛学院继续深造的共有３０多人，去外省各佛学院讲学有２０多人，选派前往斯里兰卡、英国、新加坡、马来西亚、泰国、印尼等国家留学、讲经、住持寺院的学员共有３０人。
福建佛学院，在国内外佛教界中有广泛的影响和声誉。本院始终以学院丛林化，丛林学院化的办学方式，培养德才兼备，修学并重，具有正见、正信的出家青年僧众为目标；十五年来，为佛教界各工作岗位输送了一批合格的佛教人才。
福建佛学院首任院长由释普雨法师担任，第二任院长由释妙湛法师（原厦门南普陀寺方丈）担任，现任院长是中国佛教协会副秘书长、福建省佛教协会副会长、莆田市佛教协会会长、莆田广化寺方丈释学诚法师。福建佛学院现有年轻法师２９位（男众１８名，女众１１名），他（她）们淡泊名利、不随俗流，信仰坚定、勤奋工作、全心全意投入在佛教教育事业上。目前，在院学生２０８人，其中男众１２８人，女众部８０人。
福建佛学院所依的寺院是模范丛林。福建佛学院完全是学院丛林化，丛林学院化的办学方式，始终以培养德才兼备，修学并重、具有正见、正信的僧青年为目标。常住积极配合佛学院各方面的工作，学僧通过四至六年的熏陶，对丛林的各项规矩都很熟悉，也能适应大丛林的生活。
自９３年专科班（师资进修班）复办以来，共培养了１８名毕业生，分别在广化寺、福建佛学院、闽南佛学院、云门佛学院、岭东佛学院、普陀山佛学院讲学或管理工作。福建佛学院先后为中国佛学院输送了３０多位优秀学员，选派前往斯里兰卡、英国、新加坡、马来西亚、泰国、印尼、澳大利亚等国家留学、讲经、住持寺院的学院共有３０多人，从福建佛学院走出去的学僧都有吃苦和奉献的精神，受到教内外的好评。
福建佛学院以俱舍、唯识、净土学科为优势。