密教分胎藏界诸尊为莲华部、金刚部、佛部，分别表示佛之大悲、大智、大定等三德。盖金刚界以“除障成身、自受法乐”之行相，故转九识而成五智，乃立五部以定尊位；相对于此，胎藏界则以“化度利生、他受法乐”之行相，开“大定、大智、大悲”等三门以引摄众生，故立三部之别以赅摄诸尊。若以三部配涅槃三德，则莲华部为法身，金刚部为般若，佛部即解脱。(一)莲华部，众生本具净菩提心清净之理，此理虽经六道四生之界，流转生死之泥中而不染不垢，犹如莲出污泥，故称莲华部。(二)金刚部，自心之理存有智，此智虽经无数劫而不朽不坏，能破烦恼，其坚固、摧破之二德犹如金刚，故称金刚部。(三)佛部，理智具足，觉道圆满，故称佛部。
此三部之部母与部主各异，佛部以金刚佛顶为部主，以虚空眼为部母；莲华部以马头观音为部主，以伴陀罗缚字尼（即白衣观音）为部母；金刚部以金刚手为部主，以忙么鸡为部母。若就中台八叶院而分别三部，则毗卢遮那表示总体，故以之为佛部；四行菩萨表示大悲之德，故以之为莲华部；四佛表示觉智，故以之为金刚部。或以大日如来为佛部，弥陀为莲华部，宝幢为金刚部。或以弥陀为莲华部，释迦为金刚部，宝幢与开敷花摄属佛部。
若于第一重中分别三部，则遍知院及五大院摄属佛部，观音院摄属莲华部，金刚手院摄属金刚部。若就整个曼荼罗而分别三部，则中台八叶院、遍知院、释迦院、文殊院、五大院、虚空藏院、苏悉地院摄属佛部，右方之观音院、地藏院摄属莲华部，左方之金刚手院、除盖障院，及周围之外金刚部院摄属金刚部。若以此三部加上宝部、羯磨部，是为五部，金刚界即分五部而立。［苏悉地羯啰经卷上、陀罗尼诸部要目、大日经疏卷五、秘藏记、胎藏界曼荼罗钞卷下］（参阅“五部”1154、“胎藏界”3935） p620