(一)位于日本横滨市鹤见区鹤见町。山号诸岳山。为日本曹洞宗大本山。天平年中（729～749），日僧行基于能登（石川县）凤至郡创建诸岳寺，又作诸岳寺，属于真言律宗（或谓属白山天台系）。后以元亨元年（1321）住持定贤归依曹洞宗太祖莹山绍瑾，遂改律院为禅刹，号总持寺，并礼请绍瑾为开山祖师。翌年，后醍醐天皇敕本寺为曹洞宗出世道场。四年三月，制定诸岳山十条之龟镜，规定嗣法门人轮番住持等条例。
四年七月，绍瑾让席予法嗣峨山绍硕，绍硕扩张寺规，奠定本寺基础，举扬宗风，兴盛一时，而与越前之永平寺并列。二寺遂互争本山之地位，至元和元年（1616），乃定总持寺为能本山，永平寺为越本山，并称两大本山。
安永元年（1772）十一月，值开祖绍瑾四百五十年远忌，敕赐“弘德圆明国师”之谥号，此为洞门有国师号之始。
明治三年（1870）废旧有之轮住制，新立独住制，以栴崖奕堂为独住第一世。五年，与永平寺结盟约，共称大本山。十二年，再与永平寺结盟约。三十一年，罹回禄之灾，诸堂悉成灰烬。四十年，第四世牧牛素童将寺基移转今地，翌年始兴工事。大正十二年（1923）关东大震灾，诸堂几皆倒溃，后再逐渐修造。
今有敕使门、传道馆、大僧堂、东部役寮室、三宝殿、钟鼓楼、茶处、宝物馆、仓库、西部役寮室、东司、一文字廊下、观音大铜像等，境内又有羯林、三松关、千光城、吹上墀等十境，为关东一大巨刹。
本寺并经营三松学林（山内）、光华女学校、鹤见高等女学校等，作育英才。又开设鹤见社会馆、鹤见公益质屋等社会事业、另于能登之旧地，置别院与三个支院。
西元一九七五年，我国唐代禅师石头希迁之肉身为日本佛教界所发现，今即供奉于鹤见之本寺。此外寺宝尚有纸本着色提婆达多像、刺绣大法被等。［总持寺文书、大本山总持寺要览］
(二)位于日本摄津国三岛郡三岛村。山号补陀落山。属于日本古义真言宗。宽平二年（890），藤原山阴从我国购得白檀香木，遂造千手观音像，后即建寺安置观音像，此为总持寺创建之因缘。曾遭兵火焚毁而重新建造；今有本堂、护摩堂、经藏、钟楼、药医门、庚申堂、药师堂、库里、宝藏等。［三国传记卷七］
(三)位于日本纪伊国海草郡野崎村。山号受阳山知足院。属日本净土宗西山光明寺派，即西山派七檀林之一。宝德二年（1450），由明秀光云所创建。今有本堂、释迦堂、开山堂、经藏、钟楼等。寺中珍藏绢本着色阿弥陀三尊像板装三帧（传为真如亲王所绘），被编为日本国宝。［净土传灯总系谱卷下］
(四)位于日本近江国波田郡南乡里村。山号医王山。属于日本新义真言宗丰山派。相传于天平年中（729～749）为日僧行基所开创。永享五年（1433）列为敕愿所，蒙赐“总持院”之号。元禄五年（1692），有末寺八十七、孙末寺五十，其后逐渐衰微，现有末寺三十二、孙末寺十四等。现存之堂宇有本堂、库里、客殿、书院、钟楼、宝库等。有绢本着色爱染明王像一幅、木造圣观音立像一尊等被编为国宝。［近江国舆地志略卷八十］
(五)位于日本东京都足立区西新井町。山号五智山遍照院。属于日本新义真言宗丰山派。相传为日本真言宗开祖空海所草创，原位于千住五丁目，后移往现址。有大师堂（本堂）、仁王门、书院、方丈、客殿、钟楼、荣螺堂、不动堂、女人堂等建筑。寺内供奉之本尊为空海之像，古来称为“厄除大师”，参诣者络绎不绝。［江户名所记卷二］ p6486