以字为门，由此门而入，则可了悟诸法之理，故称为字门。每一字均附有其一定之意义。字门有四十二字门、五字门、八字门、十九字门、二十六字门、五十字门等说。(一)四十二字门乃大品般若经卷五之四念处品、旧华严经卷五十七等所揭出，即：阿、罗、波、遮、那、逻、陀、婆、荼、沙、和、多、夜、咤、迦、娑、磨、迦、他、阇、[其*皮]、驮、赊、呿、叉、哆、若、[木*宅]、婆、车、摩、火、嗟、伽、他、拏、颇、歌、醝、遮、咤、荼。此四十二字门不依五十字门之顺序配列，而采取独特之配列形式，包含非字母之十余重字（即连结字，ligature）。
(二)五字门出自四分律卷十一，即：阿（a）、罗（ra）、波（pa）、遮（ca）、那（na），此为四十二字门之最初五字。金刚顶经瑜伽文殊师利菩萨法以此为文殊菩萨之真言。四十二字门之配列形式，出典不详，然其最初之五字出于四分律，则知其渊源久远。
(三)八字门出自出生无量门持经等，即：波（pa）、罗（ra）、婆（ba）、迦（ka）、阇（ja）、陀（da）、赊（?a）、叉（ksa），相当于四十二字门中之第三、第六、第八、第十五、第二十、第二十二、第二十三、第二十五等字，可视为四十二字中之精萃。或谓四十二字乃以前记之五字与八字为基本而造成。
(四)十九字门乃出自海意菩萨所问净印法门经卷十三，即：阿（a）、波（pa）、那（na）、捺（da）、沙（sa）、多（ta）、迦（ka）、娑（sa）、摩（ma）、誐（ga）、惹（ja）、驮（dha）、设（?a）、佉（kha）、叉（ksa）、倪野（ja）、他（stha）、塞迦（ska）、姹（tha），可视为四十二字门之撮略。
(五)二十六字门出自大集经卷四，即：阿（a）、遮（ca）、那（na）、逻（la）、陀（da）、波（pa）、杀（sa）、婆（?）、多（ta）、耶（ya）、婆（ba）、阇（ja）、昙（dha）、奢（sa）、佉（kha）、迦（ka）、婆（va）、摩（ma）、伽（ga）、羼（ksa）、呼（?）、若（a）、婆（bha）、车（cha）、波（?）、颇（pha）。其配列次序不仅类似四十二字门，与此相当之西藏译本亦举出四十二字，由此可见其为四十二字门之略型。
(六)五十字门出自大般涅槃经卷八、文殊师利问经卷上字母品等，其依梵语字母顺序配列，形式颇整齐，初为母音字，次为子音字，末尾添加一二重字。其字数通常为五十字，然或有五十一、四十六、三十八、三十四等字之不同。皆为阿阿（长音）、伊伊（长音）等顺序配列，故知其与四十二字门之成立经过不同。（参阅“悉昙”4564） p2380