梵语 bīja，巴利语同。(一)如同谷类等之由其种子所生，色法（物质）与心法（精神）等一切现象亦有其产生之因种，称为种子。谷类之种子称为外种；对外之种子而言，唯识宗将种子摄于阿赖耶识中，称为内种。内种子系指其生果功能而言（生果作用），乃为现行诸法（现在所显现之诸现象）薰习于阿赖耶识中而形成一特殊之习性者，故又称习气或余习。
种子之说，原为一种譬喻，最早见于杂阿含经。部派佛教中之化地部亦谓，于“穷生死蕴”之识中，常藏有色法与心法之种子；对此，经量部认为色法与心法互为种子而具有薰他之性质，故主张“色心互薰”之说。于瑜伽师地论中，立阿赖耶识为“种子识”，并谓此识能生色、心、善、恶等一切诸法，而藏有一切种子。
“种子”一词，其后成为大乘唯识学重要术语之一。据成唯识论卷二之说，于阿赖耶识中，能同时生起七转诸法现行之果，又具有令自类之种子前后相续不断之功能；即能生一切有漏、无漏、有为等诸法之功能者，皆称为种子。如同植物之种子，具有产生一切现象之可能性。种子藏于阿赖耶识中，前者（种子）为因、作用，后者（阿赖耶识）为果、本体。然种子自身并非一客体，而系一纯粹之精神作用。
自类别而言，种子可分两种：(一)能产生诸现象（众生之迷界）者，称为有漏种子。(二)能生菩提之因者，称为无漏种子。有漏种子复可分为二类：(1)能产生与种子同种类之现象者，称为名言种子、等流种子、等流习气。(2)可帮助名言种子，以善恶业而产生异熟作用者（即具有产生当来有漏果之功能），称为业种子、异熟种子、有支习气、异熟习气。上述之中，名言种子系一切诸法之“亲因缘”种子，乃以名言为缘所薰成之种子，又分成表义名言与显境名言两种。表义名言种子，指于名言（名、句、文等）中诠表诸法之义者；第六识即缘此名言，随其语言音声而变现一切诸法之相状，由之所薰成之种子。显境名言种子，指缘前七识之见分（认识诸法相状之作用）为境，随缘所薰成之种子。若就现行所受用之情形而言，名言种子又有共相与不共相二种名言种子。共相名言种子，如日月、星辰、山河、大地等，举凡可供自他共同受用者，是为共相；能生起此类共相境界之种子，皆称为共相名言种子。自相名言种子，例如各人之身体，仅能供一己受用；能变现此等自相之种子，称为自相名言种子。又就作用而言，共相与不共相之名言种子均由共业与不共业之业种子为之资助，始能招感其相，即共业种子资助共相种子，始能招感共相；不共业种子资助不共相种子，始能招感不共相。准此可知，大乘唯识之宗义，乃谓无论依报、正报等一切万法皆由种子所变现者。
另据成唯识论卷二、梁译摄大乘论释卷二之说，种子具有六项条件，称为种子六义，即：(一)刹那灭，由于无常而有生灭之变化。(二)果俱有，果者，识与根。识与根同时俱起，互不相离。(三)恒随转，识起时，种子亦随而转动，无有间隔。(四)性决定，诸识所缘之善、恶等性，必有因果，而无有间杂，譬如眼识缘恶境则成恶法而不能成善法。(五)待众缘，识非为一因而生，必藉外缘方能产生现行。(六)引自果，色（物质）与心各自引生自果，色法由色法之种子所生，心法由心法之种子所生，并非交互而成者。
至于种子生起之情形，依历来各种主张，可归纳为三说：(一)本有说，护月之主张，称为“本有家”。(二)新薰说，难陀、胜军之主张，称为“新薰家”。(三)新旧合生说，护法之主张，称为“新旧合生家”。唯识宗系以第三说为正说，即认为种子有二类：(一)本有种子，即自无始以来，先天存在于阿赖耶识中之种子，又称本性住种。(二)新薰种子，即由后天现行诸法所薰习成之种子，又称习所成种。诸法之发生，除初入“见道”刹那之无漏智，仅从本有无漏种子生起外，其余一切法无不由本有、新薰二类种子和合而生。盖唯识宗对于由“种子”变现成“诸法”之关系，最重要者即为：由“三法”所构成的“二重”因果说。所谓三法，即指“能生之种子”（本有种子）、“所生之现行”、“所薰之新种”（新薰种子）；所谓二重因果，即指“种子生现行”、“现行薰因种子”。此三法同时辗转互成二重之果，即一种子既为同一刹那间之“现行之因”，亦为后一刹那之“种子之果”，故又可称为“种子生种子”。当色、心之诸缘和合时，阿赖耶识所持之种子必令当前之外界产生某种现象，此即“生起现行”；于同一刹那，其现行之法必随所应而薰种子，此即现行薰种子。就八识而论之，则第八识所持之种子为因，生起眼等之七转识；同一刹那，七转识之现行法亦为因，而生起第八识之种子，故有所谓“七转、八识，互为因果”之说。
此外，唯识宗之另一宗义“五姓各别”说，乃依据本有无漏种之种别及其有无等问题而建立者，即主张一切有情众生自本有以来即具有声闻种姓、独觉种姓、如来种姓、不定种姓、无性有情等五种不同之类型，各有所别，而不可转变改易；此一主张相对于一乘家“众生悉有佛性”之说。［解深密经卷二、俱舍论卷四、卷五、瑜伽师地论卷五、卷五十一、卷五十二、显识论、显扬圣教论卷十七、成唯识论述记卷七末、瑜伽论记卷十三上、卷十三下］
(二)密教中，表示佛、菩萨等诸尊所说真言之梵字。乃真言行者修字轮观时所观照者。又作种字、种子字。所以称种子者，乃因其具有“自一字可生多字，多字复可赅摄于一字”之意。故知“种子”一词，含有引生、摄持之义。例如合十字为一句，若以第一字为种子，则可依之引生下面九字所具有之观智，同时此九字之意义亦可摄入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能于一字专注行观，修诸行愿，即能于一切行愿皆得圆满。
一般而言，种子具有三义，即：(一)了因义，譬如由烟而识火之体性；经由观种子之字门，即可了知佛智。(二)生因义，譬如由谷类等之种子可生出根茎花果等；由种子可生三昧耶形。(三)本有义，意谓字门即诸法之根源，具足本来之性德，而可作为轨范者。以具足上述三义，故密教诸尊多以之为表征。
诸尊之种子，就来源而言，有下列数种：(一)较常见者，多采取真言之第一字，例如胎藏界大日如来之种子为 ，月天之种子为 ，水天之种子为 。(二)以真言之中字为种子者，如地藏之种子 。(三)亦有采用真言之终字为种子者，如金刚界大日如来之种子 ，释迦之种子 。(四)取梵号以为种子者，如文殊之种子 ，药师之种子 。(五)取自与本誓相应之用语，如圣观音之种子 ，系取自 samantamukha（普门）一语。(六)真言与梵号并取者，如阿弥陀佛之种子 。
除一尊各别之种子外，另有共通于此类诸尊之种子，称为通种子，例如金刚界五部，各以其主尊（大日、阿閦、宝生、弥陀、不空成就）之种子为其各部之通种子。又种子并不限于诸尊所用，一切法门悉得建立种子，如五大各有其种子：地之种子为 （阿字门），水为 （缚字门），火为 （啰字门），风为 （诃字门），空为 （佉字门）。此外，书写种子之曼荼罗，称为种子曼荼罗；以种子观行，则称种子观。历来有将密教经轨中诸尊之种子辑录成诸尊种子真言集、种子集等。［仁王经道场念诵仪轨卷下、大日经疏卷一、卷六、卷十、卷十四］ p5863