指密教之金刚界、胎藏界两部。略称两部。于“一心法界”之上，立理平等与智差别二门，以显其理智之应用无穷。诠说智差别之经轨为金刚顶部，诠说理平等之经轨为胎藏部。金刚顶部以金刚顶经为根本经典，依此所画之曼荼罗，称为金刚界曼荼罗；胎藏部以大日经为根本经典，依此所画之曼荼罗，称为胎藏界曼荼罗。金刚界即智差别门，以金刚表之，象征如来实智之坚宝，又称智界；胎藏界即理差别门，以莲花表之，象征众生本有之理性蕴含于大悲万行之中，又称理界。又金刚界为除障成身，自受法乐之行相，即转九识而成就五智，故立五部；胎藏界为化度利生，他受法乐之行相，故立三部，开大定、大智、大悲三门，以引摄众生。
有关两部之三昧耶形，诸说各异，如：(一)金刚界以塔为三昧耶形，胎藏界以窣堵波为三昧耶形。(二)金刚界以多宝塔为三昧耶形，始藏界以五轮塔为三昧耶形。(三)两部同以五轮塔为三昧耶形。又金刚界大日如来之种子为 （vaj，鍐），系五智融通之故；胎藏界大日如来之种子为 （ah，恶），系方便为究竟之故。而 （hūj）为金刚界之种子，（a，阿）为胎藏界之种子。金刚界以字门之末字为种子，表示“从本垂迹”之义；胎藏界以字门之首字为种子，显示“从因至果”之义。另有一说则谓，字为胎藏界大日如来理法身之种子，字为金刚界大日如来智法身之种子，此二字即可代表金、胎两部。又金刚界曼荼罗以月轮表示而用圆形，胎藏界曼荼罗以莲花表示而用方形，两者之理趣互异。
金刚界与胎藏界虽各立诠说，然理之外无智，智之外无理，色、心本不二；离金刚界别无胎藏界，离胎藏界别无金刚界，故金、胎两部一体不二。金、胎两部乃一体而不可分之说，始于密宗七祖惠果，其门人日僧空海将师之旨意传入日本，真言宗遂产生两部不二说，如东密之主张；台密则主张两部对立，故于金、胎两部外另立苏悉地部，因苏悉地经融合理、智，诠说两部一体不二之旨，苏悉地部之曼荼罗称为杂曼荼罗。［大日经疏卷三、金刚顶大教王经疏卷一］ p3531