(一)位于河北房山县西南云居山（石经山）东峰。又称石峪寺。隋代大业年中，幽州沙门智苑发愿以房山之石造一切经藏，乃凿岩为石室，磨四壁以写经，又取方石刻经书，藏于石室内而密闭之。当时，有炀帝之后助成其业，朝野亦争相喜舍金品，遂得竣工。唐代贞观十三年（639），智苑示寂于该寺，玄导、仪公、暹公、玄法等继其刻经之业。开元年中，金仙公主命人加以修葺，并于五峰之顶各造一白石小塔，赐新旧译经四千余卷及庄园。唐末五代时曾一度中断，至辽时，再兴刻经之业，延续六十余年，完成大藏经之大半。明太祖洪武二十六年（1393）、英宗正统九年（1444）曾两度重修之。如此，由智苑点燃的护法之灯，历经隋、唐、辽、金、元、明六代终于完成。而汉、满、蒙、西藏各族，亦直接、间接参与此项圣业。凡刻经一千余部，经版一万五千余块，分藏于石经山九个石洞及云居寺西南之地穴中，除少数因风化残损外，大部分皆完整。
现存堂塔颇多，寺之西南有以砖筑成之十一层塔，系辽天庆七年（1117）所建，称为压经塔，亦称南塔。塔下埋藏无数石经。寺于抗日战争时毁于炮火，现仅存北塔及其四隅之小石塔。又1987年四月政府宣布在本寺发现装有佛陀舍利的两个金钵，据传，此二钵于隋炀帝时即藏于本寺山洞中。［法苑珠林卷十八、小西天石经堂记、续秘藏石经塔记、古今图书集成职方典第十一］
(二)位于河北涿县城内东北隅。城内有砖塔两座，城北之塔位于本寺，其建造年代无确实记载，然据金正隆五年（1160）云居寺重修释迦佛舍利塔碑记载，此塔建于辽大安八年（1092），而与城南之智度寺塔南北遥峙。北塔呈八角六层之形，一反佛塔之层数多为奇数之惯例。塔以砖砌，斗栱富于变化，造型优美，与南塔同为辽代建筑之代表。
(三)位于江西永修西南十七公里处之云居山上。又称飞白寺、真如寺、龙昌寺。建于唐代元和年间。宋代祥符年中，受敕额真如禅院。后废毁，明代万历年间复重建。开山为洞山良价之法嗣道膺，其后历住者有道简、怀岳，佛印了元亦曾居此。［大清一统志卷二四三］ p5330